Valga Muuseumi nõukogu on moodustatud muuseumi arengusuundade hindamiseks ja kavandamiseks. Nõukogusse kuuluvad Kultuuriministeeriumi, kohaliku omavalitsusüksuse, Muinsuskaitse Ameti ja kultuuri- ning majandusvaldkonna esindajad. Nõukogu koosseisu kinnitab kultuuriminister.
Valga Muuseumi nõukogusse kuuluvad: Siiri Põldsaar, Alar Nääme, Virve Tuubel, Ilmar Kõverik, Mariliis Paris, Tiit Rosenberg ja Marju Reismaa.