Muuseumi tegevuse põhisuundade kavandamiseks, muuseumi töö paremaks korraldamiseks ja tegevust puudutavate oluliste küsimuste läbiarutamiseks on Valga Muuseumil oma nõukogu.
1. aprillil 2026. a korraldusega nr 75 kinnitas Valga Vallavalitsus Valga Muuseumi uue nõukogu koosseisu:
Sander Jürisson − nõukogu esimees;
Jüri Konrad – Valga Vallavalitsuse asevallavanem, aseesimees;
Virve Tuubel – Eesti Rahva Muuseum;
Esta Mets – Sihtasutus Valga Isamaalise Kasvatuse Püsiekspositsioon;
Ester Kukk – Valga Muuseumisõprade Selts;
Jaan Luht – Valga Vallavolikogu esindaja;
Üllar Kruustik – Valga Vallavolikogu esindaja.